根據花芽分化的指標，可分為生理分化期、形態(tài)分化期和性細胞形成期。不同樹種其花芽分化過程及形態(tài)指標各異。
（1）生理分化期
是指芽的生長點內轉向分化花芽發(fā)生生理代謝變化的時期。據果樹研究，生理分化期約在形態(tài)分化期前l(fā)～7周(一般是4周左右或更長)。生理分化期是控制分化的關鍵時期，因此也稱“花芽分化臨界期”。
（2）形態(tài)分化期
是指花或花序的各個花器原始體的發(fā)育過程。一般又可分為以下5個時期：

分化初期：因樹種稍有不同。一般于芽內突起的生長點逐漸肥厚，頂端高起呈半球體狀，四周下陷，從而與葉芽生長點相區(qū)別；從組織形態(tài)上改變了發(fā)育方向，即為花芽分化的標志。此期如果內外條件不具備，也可能退回去。萼片原基形成期：下陷四周產生突起體，即為萼片原始體，達此階段才可肯定為花芽?；ò暝纬善冢河谳嗥鶅鹊幕堪l(fā)生突起體，即花瓣原
始體。
雄蕊原基形成期：花瓣原始體內方基部發(fā)生的突起，即雄蕊原始體。雌蕊原基形成期：在花原始體中心底部發(fā)生的突起，即為雌蕊原始體。上述后兩個形成期，有些樹種延續(xù)時間較長，一般在第二年春季開花前完成：關于花芽分化指標還因樹種是混合芽，還是純花芽；是否是花序；是單室還是多室等而略有差別。
（3）性細胞形成期
于當年內，進行一次或多次分化并開花的樹木，其花芽性細胞都在年內較高溫度下形成。而于夏秋分化，次春開花的樹木，其花芽經形態(tài)分化后要經過冬春一定低溫(溫帶樹木0～10℃；暖帶樹木5～15℃)累積條件下，形成花器和進一步分化完善與生長。再在第二年春季萌芽后至開花前在較高溫度下才能完成。如：蘋果在花序分離時，其花粉母細胞和雌蕊胚囊才形成。
因此早春樹體營養(yǎng)狀況對比類的花芽分化很重要。如果條件差，對分化尚未完全的花芽，有時也會出現分化停止或倒退現象。有人把需經一定低溫來進一步分化完善花器這一過程，稱為“花芽的發(fā)育”。