1997年，石柱縣面積3013平方千米，人口47.8萬。轄4鎮(zhèn)50鄉(xiāng)?？h政府駐南賓鎮(zhèn)。

2000年，石柱縣轄南賓、西沱、臨溪、黃水4個鎮(zhèn)；大歇、鳳凰、燈盞、華豐、雙慶、河壩、大河、三店、永和、下路、金彰、天泉、三樹、三星、五斗、三匯、六塘、王家、河嘴、黎家、馬武、黃鶴、洗新、新樂、漆遼、木坪、都會、萬寶、石流、中興、王場、黎場、沿溪、坡口、萬朝、沙子、栗新、金竹、金嶺、湖鎮(zhèn)、卷店、蠶溪、中益、官田、悅來、魚池、龍沙、橋頭、三益、東木坪、冷水、楓木、洋洞、石家54個鄉(xiāng)。

2002年，石柱縣轄12個鎮(zhèn)、20個鄉(xiāng)，11個居委會、496個村委會。戶籍人口51.11萬，其中非農(nóng)業(yè)人口6.46萬人。

2008年，石柱縣轄12個鎮(zhèn)、20個鄉(xiāng)：南賓鎮(zhèn)、西沱鎮(zhèn)、下路鎮(zhèn)、悅崍鎮(zhèn)、臨溪鎮(zhèn)、黃水鎮(zhèn)、馬武鎮(zhèn)、沙子鎮(zhèn)、王場鎮(zhèn)、沿溪鎮(zhèn)、龍沙鎮(zhèn)、漁池鎮(zhèn)、大歇鄉(xiāng)、三河鄉(xiāng)、萬朝鄉(xiāng)、黎場鄉(xiāng)、三星鄉(xiāng)、六塘鄉(xiāng)、橋頭鄉(xiāng)、三益鄉(xiāng)、王家鄉(xiāng)、河嘴鄉(xiāng)、石家鄉(xiāng)、冷水鄉(xiāng)、楓木鄉(xiāng)、中益鄉(xiāng)、洗新鄉(xiāng)、黃鶴鄉(xiāng)、龍?zhí)多l(xiāng)、新樂鄉(xiāng)、金鈴鄉(xiāng)、金竹鄉(xiāng)。

2009年，石柱縣轄32個鄉(xiāng)鎮(zhèn)。18個鎮(zhèn)：南賓鎮(zhèn)、西沱鎮(zhèn)、黃水鎮(zhèn)、下路鎮(zhèn)、悅崍鎮(zhèn)、臨溪鎮(zhèn)、馬武鎮(zhèn)、沙子鎮(zhèn)、王場鎮(zhèn)、沿溪鎮(zhèn)、龍沙鎮(zhèn)、魚池鎮(zhèn)、三河鎮(zhèn)、大歇鎮(zhèn)、橋頭鎮(zhèn)、萬朝鎮(zhèn)、冷水鎮(zhèn)、黃鶴鎮(zhèn)；14個鄉(xiāng)：黎場鄉(xiāng)、三星鄉(xiāng)、六塘鄉(xiāng)、三益鄉(xiāng)、王家鄉(xiāng)、河嘴鄉(xiāng)、石家鄉(xiāng)、楓木鄉(xiāng)、中益鄉(xiāng)、洗新鄉(xiāng)、龍?zhí)多l(xiāng)、新樂鄉(xiāng)、金鈴鄉(xiāng)、金竹鄉(xiāng)。

2015年，石柱縣轄3個街道、16個鎮(zhèn)、14個鄉(xiāng)。3個街道：南賓街道、萬安街道、下路街道；16個鎮(zhèn)：西沱鎮(zhèn)、黃水鎮(zhèn)、悅崍鎮(zhèn)、臨溪鎮(zhèn)、馬武鎮(zhèn)、沙子鎮(zhèn)、王場鎮(zhèn)、沿溪鎮(zhèn)、龍沙鎮(zhèn)、魚池鎮(zhèn)、三河鎮(zhèn)、大歇鎮(zhèn)、橋頭鎮(zhèn)、萬朝鎮(zhèn)、冷水鎮(zhèn)、黃鶴鎮(zhèn)；14個鄉(xiāng)：黎場鄉(xiāng)、三星鄉(xiāng)、六塘鄉(xiāng)、三益鄉(xiāng)、王家鄉(xiāng)、河嘴鄉(xiāng)、石家鄉(xiāng)、楓木鄉(xiāng)、中益鄉(xiāng)、洗新鄉(xiāng)、龍?zhí)多l(xiāng)、新樂鄉(xiāng)、金鈴鄉(xiāng)、金竹鄉(xiāng)。

南賓鎮(zhèn)

南賓鎮(zhèn)為石柱縣中心城區(qū)，距重慶市區(qū)250公里，距長江47公里、滬蓉高速公路6公里。幅員面積166.8平方公里，其中城區(qū)9平方公里。轄12個社區(qū)和11個行政村，82個村（居）民小組，總?cè)丝?0.6萬人，其中：農(nóng)業(yè)戶數(shù)13264戶，農(nóng)業(yè)人口45562人。南賓鎮(zhèn)是石柱縣長毛兔、蠶桑、烤煙、辣椒、水果、中藥材、林業(yè)生產(chǎn)基地。

西沱鎮(zhèn)

西沱鎮(zhèn)位于石柱縣北部，原名西界沱，距縣城76公里。幅員面積62平方公里。轄4個社區(qū)和7個行政村，47個村（居）民小組，總?cè)丝?.5萬多人。境內(nèi)資源豐富，探明原煤儲量為2000萬噸，石灰石儲量1.5億噸，錳礦儲量350萬噸。

黃水鎮(zhèn)

黃水鎮(zhèn)位于石柱縣東北部，地處渝鄂邊陲，距縣城63公里。幅員面積158.7平方公里。轄3個社區(qū)和5個行政村，38個村（居）民小組，總?cè)丝?2699人。2010年，被評為市級文明城鎮(zhèn)和全國特色景觀旅游名鎮(zhèn)。

下路鎮(zhèn)

下路鎮(zhèn)位于石柱縣西南部，距縣城7公里。幅員面積158平方公里。轄1個社區(qū)和11個行政村，69個村（居）民小組，總?cè)丝?1167人，土家族占總?cè)丝诘?6%。

悅崍鎮(zhèn)

悅崍鎮(zhèn)位于石柱縣中北部，距縣城36公里。幅員面積170平方公里。轄9個行政村，44個村民小組，總?cè)丝?9448人。為重慶黃水統(tǒng)籌城鄉(xiāng)示范區(qū)域旅游環(huán)線重要鄉(xiāng)鎮(zhèn)之一。

臨溪鎮(zhèn)

臨溪鎮(zhèn)位于石柱縣北部，距縣城65公里，距萬州50公里。幅員面積149.7平方公里。轄1個社區(qū)和9個行政村，66個村（居）民小組，總?cè)丝?5718人。城鎮(zhèn)人口為6033人，城鎮(zhèn)化率為23.2%。

馬武鎮(zhèn)

馬武鎮(zhèn)位于石柱縣東南部，距縣城48公里。幅員面積90.81平方公里。轄1個社區(qū)和6個行政村，40個村（民）小組，總?cè)丝?.3萬人。為石柱縣重要的優(yōu)質(zhì)烤煙、蠶桑、生豬、辣椒生產(chǎn)基地。

沙子鎮(zhèn)

沙子鎮(zhèn)位于石柱縣東南部，距縣城43公里。幅員面積168平方公里。轄1個社區(qū)和9個行政村，總?cè)丝?5027人。以黃連為主的中藥材、銀杏、冷竹筍、烤煙等綠特農(nóng)產(chǎn)品資源豐富。

王場鎮(zhèn)

王場鎮(zhèn)位于石柱縣西北部，距縣城80公里。幅員面積57平方公里。轄1社區(qū)和6個行政村，44個村（居）民小組，總?cè)丝?.8萬人。擁有沿江片區(qū)最完善的水利設(shè)施——“桃花大堰水利體系”和新農(nóng)村建設(shè)的亮點——“王場集鎮(zhèn)新區(qū)”。

沿溪鎮(zhèn)

沿溪鎮(zhèn)位于石柱縣西北角，距縣城85公里。幅員面積56平方公里。轄1個社區(qū)和6個行政村，70個村（居）民小組，總?cè)丝?0573人。沿溪碼頭為石柱縣第二個長江碼頭。

龍沙鎮(zhèn)

龍沙鎮(zhèn)位于石柱縣東北部，距縣城20公里。幅員面積78.03平方公里。轄3個社區(qū)和5個行政村，44個村（居）民小組，總?cè)丝?6885人。農(nóng)業(yè)以辣椒、烤煙、馬鈴薯三大產(chǎn)業(yè)為支柱。2012年，年度綜合考核居分組第五名。

魚池鎮(zhèn)

魚池鎮(zhèn)位于石柱縣北部，距縣城46公里。幅員面積97平方公里。轄8個行政村，37個村民小組，總?cè)丝?4520人。旅游資源豐富，有千野草場、靈山佛景區(qū)、土家老街、蓮花洞等。

三河鎮(zhèn)

三河鎮(zhèn)位于石柱縣東部，距縣城6公里。幅員面積101.36平方公里。轄13個行政村，57個村民小組，總?cè)丝?9372人。三河鎮(zhèn)現(xiàn)代生態(tài)農(nóng)業(yè)、休閑觀光農(nóng)業(yè)初具雛形。

大歇鎮(zhèn)

大歇鎮(zhèn)位于石柱縣西北部，距縣城9公里。幅員面積131平方公里。轄10個行政村，58個村民小組，總?cè)丝?4708人。烤煙、辣椒、長毛兔、馬鈴薯、中藥材為五大支柱產(chǎn)業(yè)。

橋頭鎮(zhèn)

橋頭鎮(zhèn)位于石柱縣中部，距縣城33公里。幅員面積68平方公里。轄7個行政村，41個村民小組，總?cè)丝?3655人。以糧食生產(chǎn)為主，形成以辣椒、長毛兔為主導(dǎo)產(chǎn)業(yè)的種、養(yǎng)業(yè)。

萬朝鎮(zhèn)

萬朝鎮(zhèn)位于石柱縣東北部，距縣城32公里。幅員面積76平方公里。轄6個行政村，41個村民小組，總?cè)丝?6603人。屬典型的丘陵地帶，立體氣候明顯。

冷水鎮(zhèn)

冷水鎮(zhèn)位于石柱縣東部，距縣城42公里。幅員面積74.7平方公里。轄5個行政村，26個村民小組，總?cè)丝?129人。

三星鄉(xiāng)

三星鄉(xiāng)位于石柱縣南部，距縣城19公里。幅員面積為102平方公里。轄6個行政村，39個村民小組，總?cè)丝?7062人。實有耕地面積15884畝，其中田面積4902畝，森林面積129348畝，草場面積9.1萬畝。

六塘鄉(xiāng)

六塘鄉(xiāng)位于石柱縣南部，距縣城18公里。幅員面積129.6平方公里。轄10個行政村，55個村民小組，14840人。主要有烤煙、畜牧、中藥材、林業(yè)四大支柱產(chǎn)業(yè)。

黎場鄉(xiāng)

黎場鄉(xiāng)位于石柱縣西北部，距縣城88公里。幅員面積36.1平方公里。轄5個行政村，45個村民小組，總?cè)丝?3520人。

三益鄉(xiāng)

三益鄉(xiāng)位于石柱縣中部，距縣城32公里。幅員面積23.8平方公里。轄四個行政村，22個村民小組，總?cè)丝?650人。農(nóng)民收入來源主要為：以辣椒產(chǎn)業(yè)為主的經(jīng)濟作物種植業(yè)、以長毛兔為主的畜牧養(yǎng)殖業(yè)和外出務(wù)工收入。

王家鄉(xiāng)

王家鄉(xiāng)位于石柱縣北部，距縣城65公里。幅員面積47.4平方公里。轄6個行政村，30個村民小組，總?cè)丝?627人。行政村全部實現(xiàn)通路，其中有三個村全面實現(xiàn)硬化。

河嘴鄉(xiāng)

河嘴鄉(xiāng)位于石柱縣北部，距縣城79公里。幅員面積59平方公里。轄7個行政村，48個村民小組，總?cè)丝?2199人。

石家鄉(xiāng)

石家鄉(xiāng)位于石柱縣東北部，距縣城55公里。幅員面積52.3平方公里。轄5個行政村，29個村民小組，總?cè)丝?0983人。為產(chǎn)糧大鄉(xiāng)，有“高原糧倉”之美稱。

楓木鄉(xiāng)

楓木鄉(xiāng)位于石柱縣東北部，距縣城86公里。幅員面積136.4平方公里。轄7個行政村，總?cè)丝?1077人，其中：農(nóng)業(yè)人口3309戶，10635人，95%人口系土家族。

中益鄉(xiāng)

中益鄉(xiāng)位于石柱縣東北部，距縣城55公里。幅員面積155平方公里。轄7個行政村35個村民小組，總?cè)丝?232人。境內(nèi)有豐富的森林、水利、天然氣等資源。

洗新鄉(xiāng)

洗新鄉(xiāng)位于石柱縣東南部，距縣城72公里。幅員面積96平方公里。轄5個行政村，20個村民組，總?cè)丝?160人。

黃鶴鎮(zhèn)

黃鶴鎮(zhèn)位于石柱縣東南部，距縣城40公里。幅員面積47平方公里。轄3個行政村，20個村民小組，總?cè)丝?838人。

龍?zhí)多l(xiāng)

龍?zhí)多l(xiāng)位于石柱縣東南角，距縣城40公里。幅員面積136平方公里。轄5個行政村，29個村民小組，總?cè)丝?820人。

新樂鄉(xiāng)

新樂鄉(xiāng)位于石柱縣東南部，距縣城80公里。幅員面積65.5平方公里。轄4個行政村，18個村民小組，總?cè)丝?635人。

金竹鄉(xiāng)

金竹鄉(xiāng)位于石柱縣東部，距縣城52公里。幅員面積58平方公里。轄3個行政村，10個村民小組，總?cè)丝?731人。

金鈴鄉(xiāng)

金鈴鄉(xiāng)位于石柱縣東南部，距縣城61公里。幅員面積62.4平方公里。轄4個行政村，21個村民小組，總?cè)丝?611人。